Numerose iniziative in sua memoria sono state realizzate a partire dal 2000, un anno dopo la sua scomparsa, quando l’Organizzazione di volontariato “Bambini del terzo millennio” (Monza) e l’Istituto Fornara hanno editato il VHS Per Marcella Balconi con la regia di Mauro Begozzi e Marco Fontana, che raccoglie tra l’altro, una lunga intervista rilasciata a Mira Montanari, apparsa in parte nel VHS I volti del ricordo. La trasmissione dell’esperienza tra le generazioni femminili, Provincia di Novara, Centro di documentazione storia delle donne “Gisella”, Novara 1996-1997. Nel decennale della morte sono poi stati pubblicati: Una vita in forma di dialogo. Marcella Balconi (1919-1999), a cura di Giuseppe Veronica, coll. “I nostri maggiori”, Istituto storico della Resistenza e della società contemporanea nel Novarese e nel VCO “P. Fornara”, Borgomanero, dicembre 2009, e Grazie Marcella. Raccolta di testimonianze in onore di Marcella Balconi. Medico, pioniera della psicanalisi infantile in Italia (1919-1999), Quadreni Arsdiapason, Torino, 2009. Sempre nel decennale della scomparsa le è stato dedicato il sito http://www.marcellabalconi.altervista.org/.
Nell’ottobre 2019, in occasione del centenario della nascita, l’Istituto Piero Fornara ha collaborato alla realizzazione del convengo curato dall’ANPI Novara “Marcella Balconi. Cent’anni, il tempo ritrovato”.
Un fondo archivistico delle carte di Marcella Balconi è custodito preso l’Istituto Storico della Resistenza “Piero Fornara”.
