Alla costituzione del Cln provinciale, dopo l’8 settembre, Fornara non partecipò, né mai vi entrò formalmente: tuttavia, ne fu l’animatore, l’organizzatore più tenace, il “tesoriere” e l’elemento di spicco riconosciuto da tutte le rinate forze politiche democratiche. In quell’anno si iscrisse al Partito socialista.
L’intensa attività clandestina, che si svolgeva principalmente tra la sua casa di Corso Cavour 15, l’ambulatorio e in altri locali dell’Ospedale Maggiore, fu principalmente volta alla raccolta di fondi per le formazioni partigiane, al collegamento con i Cln di Milano, Torino e della provincia, all’organizzazione di un’efficiente rete di informatori che gli consentì di inviare bisettimanalmente notizie ai consoli americano e inglese a Lugano. Il 25 ottobre 1944 venne arrestato con alcuni suoi collaboratori, messo al muro e minacciato di morte. Sì salvò, ma per mesi la sua abitazione e l’ospedale furono piantonati da militi fascisti. Nei giorni della Liberazione partecipò attivamente alle trattative di resa delle truppe tedesche e fasciste, dando un fondamentale contributo al fine di evitare alla città un bagno di sangue. All’unanimità il Cln lo designò Prefetto, carica che resse sino al febbraio 1946. Ebbe con le autorità alleate rapporti anche burrascosi, rivendicando la piena autonomia del governo italiano. Nel giugno dello stesso anno venne eletto all’Assemblea Costituente ove partecipò ai lavori della Iª Commissione permanente. Con la promulgazione della Carta costituzionale cessò anche il suo impegno politico diretto, preferendo tornare alla sua professione di medico dei bambini. Alla fine degli anni Sessanta presiedette prima il Consiglio federativo della Resistenza e poi dal ’68 il Raggruppamento unitario della Resistenza novarese (Anpi-Fiap-Fivl) al cui notiziario “Resistenza unita” diede un prezioso contributo. A Fornara sono state intitolate una via e una scuola media statale a Novara e la scuola elementare di Romagnano Sesia. Il 6 dicembre 2005, presso la Prefettura di Novara, è stata scoperta una lapide che ricorda il Prefetto della Liberazione. Il 6 febbraio 1976, trasferitosi l’Istituto nel suo appartamento di Corso Cavour, l’Assemblea consorziale decise all’unanimità di intitolargli l’Istituto stesso.