Il 13 settembre giungono nel Verbano i primi reparti tedeschi d'occupazione. Sono reparti della Wermacht della Zollgrenschutz (polizia confinaria) e della I Divisione Panzer Waffen SS "Leibstandarte Adolf Hitler" con compiti operativi di rastrellamento. I tedeschi occupano i luoghi nevralgici dell'Alto Novarese ponendo presidi ad Arona, Meina, Stresa, Baveno, Gravellona Toce, Verbania, Domodossola, Varzo e Santa Maria Maggiore. Obiettivo strategico è il controllo delle industrie di interesse bellico e della linea ferroviaria del Sempione.
   Già il 13 settembre i tedeschi catturano alcuni militari sbandati a Colle, mentre il 9 e 10 ottobre, nei sotterranei delle scuole elementari di Intra, uccidono i quattro membri di una famiglia ebrea (gli Ovazza di Torino) i cui cadaveri vengono bruciati nell'impianto di riscaldamento.
   La "Leibstandarte Adolf Hitler" lascia il Verbano in ottobre, ma la presenza tedesca rimane con la "Feldgendarmerie" (polizia territoriale). Essa è composta da soldati austriaci e provenienti dall'Europa orientale e da ufficiali tedeschi. E' comandata dal capitano August Burmeister che comanderà l'eccidio di Fondotoce e verrà ucciso dai partigiani a Baveno il 20 giugno 1944. I tedeschi sono presenti inoltre con le "SS Polizei" (reggimenti 15 e 20).